Die Graduiertenschule wird von einem regelmäßig tagenden Vorstand geleitet, in dem jede der sechs Abteilungen des John-F.-Kennedy-Instituts mit einer Professor/in vertreten ist. Der Direktor und Vorsitzende ist Prof. Dr. Max Steinhardt (Abt. Wirtschaft). Darüber hinaus gehören dem Vorstand je ein/e Vertrer/in der Postdoktorandengruppe sowie der Doktoranden an. Der Geschäftsführer und die Frauenbeauftragte sind ex officio im Vorstand vertreten.