Das John-F.-Kennedy-Institut gehört zu den wichtigsten Zentren der Nordamerikaforschung in Europa und zeichnet sich durch vielfältige Forschungsaktivitäten aus. Neben zahlreichen individuellen Forschungsprojekten der Institutsmitglieder befassen sich kollaborative Forschungsprojekte u. a. mit der urbanen Kultur der amerikanischen Metropolen, mit seriellem Erzählen in der amerikanischen Populärkultur, mit neoliberaler Wirtschaftspolitik, und mit der Kolonialgeschichte Nordamerikas.

Die Graduate School of North American Studies ist seit 2006 Teil des John-F.-Kennedy-Instituts. Das Konzept der Graduiertenschule war im Wettbewerb der Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder bereits zweimal erfolgreich und wird bis 2017 aus Mitteln der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördert. Damit ist das JFKI eine der wenigen wissenschaftlichen Einrichtungen in Deutschland, die Bachelor-, Master- und Promotionsprogramme unter einem Dach vereinen.

Die Graduiertenschule widmet sich der umfassenden und interdisziplinären Erforschung des gesellschaftlichen, ökonomischen und kulturellen Wandels der nordamerikanischen Gesellschaften zu Beginn des 21. Jahrhunderts. Der Forschungsschwerpunkt liegt gegenwärtig auf den jüngeren krisenhaften Entwicklungen, welche die Vereinigten Staaten und Kanada in der Innen- und Außenpolitik, der wirtschaftlichen Entwicklung, den Medien, der Kunst, der Kultur und der Religion durchlaufen. Die Graduiertenschule vergibt jährlich zehn Promotionsstipendien an exzellente Bewerberinnen und Bewerber aus den Fächern amerikanische Literatur, amerikanische Kultur (Amerikanistik), Geschichte, Politik, Soziologie und Wirtschaft. Im Jahre 2013 legte die Graduiertenschule auch ein Postdoc-Programm auf. Derzeit forschen fünf Postdoktoranden aus unterschiedlichen Disziplinen an ihren Projekten. An die Graduiertenschule ist außerdem eine im Rahmen des Einstein Visiting Fellowship-Programms geförderte Arbeitsgruppe unter der Leitung von Prof. Nancy Fraser (New School for Social Research, New York) angeschlossen. Dort forschen drei Postdocs und ein Doktorand zum Thema "Krise der Demokratie".

Das JFKI leitet die DFG-Forschergruppe 1091 "Ästhetik und Praxis populärer Serialität", die im Projektzeitraum von 2013 bis 2016 mit drei Teilprojekten sowie dem Zentralprojekt in der Abteilung Kultur eingegliedert ist. Zu den erfolgreich abgeschlossenen Forschungsvorhaben zählen das Graduiertenkolleg "Demokratie in den USA", das in der Abteilung Politik angesiedelte DFG-Projekt "From Welfare to Work" sowie das Internationale TransCoop-Projekt "Transnational American Studies" und das im Exzellenzcuster "Languages of Emotion" angesiedelte Projekt "Coolness in Black and White".

Das Institut ist Kooperationspartner im Internationalen Graduiertenkolleg Berlin - New York - Toronto "Die Welt in der Stadt: Metropolitanität und Globalisierung vom 19. Jahrhundert bis zur Gegenwart". Zu den vergangenen Projektbeteiligungen gehören u.a. das Transatlantische Graduiertenkolleg Berlin - New York "Geschichte und Kultur der Metropolen im 20. Jahrhundert" und der Sonderforschungsbereich 700 "Governance in Räumen begrenzter Staatlichkeit".

Neben der intensiven Publikationstätigkeit der einzelnen Wissenschaftler des Instituts und deren Publikationsforen hat das Institut eigene Veröffentlichungsmöglichkeiten geschaffen, die es erlauben, die Arbeit des Instituts zu dokumentieren.

Die Forschungsbibliothek des John-F.-Kennedy-Instituts bietet Wissenschaftlern aus allen europäischen Ländern eine exzellente Auswahl an Literatur und Materialien zu amerikanischen und kanadischen Themen. Forschungsaufenthalte werden durch ein Forschungsstipendium gefördert.