Am John-F.-Kennedy-Institut sind sechs verschiedene fachspezifische Abteilungen angesiedelt: Geschichte, Kultur, Literatur, Politik, Soziologie und Wirtschaft. Jede dieser Abteilungen besteht aus einem Lehrstuhl und aus einem Stab von Juniorprofessorinnen und Juniorprofessoren, wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern und Lehrbeauftragten. Alle Abteilungen befinden sich unter einem gemeinsamen Dach, wobei jede Abteilung über ein eigenes Sekretariat und abteilungsspezifische Büroräume verfügt.

Die wissenschaftliche Ausrichtung des Instituts ist sowohl multidisziplinär als auch interdisziplinär. Die jeweiligen Abteilungen sind nicht nur an das Kennedy-Institut gebunden, sondern auch in die Fachbereiche ihrer jeweiligen Fachdisziplinen integriert. Der interdisziplinäre Ansatz ist mit dem speziellen Forschungsgegenstand Nordamerika gegeben, der allen Abteilungen gemeinsam ist und zu abteilungsübergreifenden Forschungsprojekten Anlass bietet.